Berlatar di Britania Raya, yaitu negara besar yang menguasai berbagai wilayah di dunia, termasuk Jepang yang kini namanya disebut sebagai “Eleven”, Pasukan Britania bertempur dan menyerang negara lain menggunakan alat seperti robot yang disebut Knightmare. Berfokus di area Eleven atau Jepang, ada seorang murid Britania bernama Lelouch yang memiliki dendam terhadap Britania sendiri. Ternyata ia adalah putra sekaligus pewaris tahta dari sang raja Britania, namun ia dibuang bersama adiknya dan ibunya dibunuh.
Kini Lelouch menyamar sebagai britania biasa bersama adiknya, suatu saat ia terjebak dalam situasi pertarungan antara teroris dan prajurit britania, saat itulah ia bertemu dengan gadis bernama CC yang memberikan kekuatan berupa Geass kepada Lelouch, dari sinilah Lelouch melakukan pemberontakan bersama pasukan Jepang yang ingin merdeka, namun Lelouch tidak menunjukan identitas aslinya melainkan menyamar sebagai “Zero” dan membentukan pasukan bernama “Kuro no Kishidan”.
